Door de tunnel onder het Groene Hart te boren, zijn in het Groene Hart nauwelijks graafwerkzaamheden nodig en werden schade aan het landschap čn bouwoverlast zo veel mogelijk beperkt. 

De boortunnel begint bij Leiderdorp, vlak bij het riviertje de Does in de Bospolder. Net ten zuiden van Westeinde in Hazerswoude-Dorp komt de tunnel weer boven de grond. De hogesnelheidstrein zal het traject in 1,5 minuut afleggen met een snelheid die varieert tussen de 250 en 300 kilometer per uur. De tunnel bestaat uit één buis van ruim 7 kilometer lang. Met toeritten bedraagt de lengte zelfs 8,5 kilometer. De buitendiameter van de tunnelbuis is bijna 15 meter. Deze omvang maakt de tunnel uniek in de wereld. Een betonnen muur splitst de tunnelbuis in tweeën, waardoor twee compartimenten en dus een dubbelsporige tunnel ontstaan. De tunnel is gebouwd met een speciaal voor dat doel vervaardigde machine. 

De boormachine is begonnen met boren vanuit een 25 meter diepe bouwschacht, de zogenoemde startschacht. Vanwege de omvang van de boormachine, Aurora genaamd, was een startschacht nodig van 30 meter breed, ruim 80 meter lang. Vanuit deze schacht ondernam de tunnelboormachine haar reis op 30 meter naar de ontvangstschacht 7.160 meter verderop. Omdat er op zo’n 30 meter diepte geboord is, hebben de boor en de holle buis die hij heeft achtergelaten voldoende grond en gewicht boven zich om te voorkomen dat het geheel met het grondwater omhoog zou komen drijven.

De grondwaterstromen zijn door de bouw van de tunnel nauwelijks verstoord, omdat het water in de 30 meter dikke bodemlaag steeds voldoende ruimte had en heeft om boven of onderlangs de tunnel langs te gaan. 

Het begin en einde van de tunnel, de toeritten, daar waar de tunnel afdaalt of opstijgt naar 30 meter, konden niet geboord worden. Zowel de open als gesloten delen van de toeritten zijn dan ook gegraven. De toeritten zijn als het ware betonnen bakken – deels open, deels gesloten met een dak.

Om de grondwaterstand in de omgeving van de toeritten zo min mogelijk te beďnvloeden, zijn deze betonnen bakken gebouwd in afgesloten ‘bouwkuipen’ met  diepwanden. De diepwandpanelen steken 25 meter diep in de grond en verankeren de betonnen vloeren van de twee bouwkuipen. Alleen de vloeren van de minder diepe delen van de toeritbouwkuipen moesten ondersteund worden door heipalen. 

Voor die minder diepe delen van de bouwkuip zijn stalen buizen van 30 tot 35 meter lang met een diameter van 1 tot 1,5 meter als heipalen gebruikt. Dit betekende zwaar heiwerk. Naarmate er bij de bouwkuipen minder diep geheid hoefde te worden, konden er in plaats van stalen buizen lichtere stalen damwanden gebruikt worden, waardoor ook het heiwerk minder zwaar werd.

Na het heien van de damwanden en het plaatsen van de diepwanden is de grond tussen deze wanden weggehaald tot een paar meter beneden de onderkant van de toen nog te bouwen tunnel. Na dit graafwerk stond er volgens planning grondwater in de uitgegraven bouwkuip. Op de bodem van deze bouwkuip is een waterdichte vloer van onderwaterbeton gestort. Om te voorkomen dat deze betonnen vloer bij het leegpompen van de bouwkuip door het grondwater omhoog gedrukt zou worden, wordt de vloer vastgehouden met zogeheten trekpalen. 

Toen de bouwkuipen klaar waren, is in deze bouwkuipen een tunnel van gewapend beton gebouwd. Deze tunnel en de diepe schacht zijn inmiddels weer afgedekt met (gebiedseigen) grond. Om deze reden wordt deze bouwmethode ook wel ‘cut & cover’ genoemd. Het dak van en de gebieden rondom de tunnel worden zoveel mogelijk in oorspronkelijke staat hersteld en heringericht. De open bak blijft open en zichtbaar aanwezig.

Dit werk duurt ongeveer een jaar per toerit.

De overtollige afgegraven grond was opgeslagen in tijdelijke depots. Over de uiteindelijke bestemming van die grond is met diverse partijen onderhandeld. Het zand dat vrijkomt uit de boortunnel is, na verwijdering van de boorvloeistof en eventueel aanwezig zout uit het deels brakke grondwater, te gebruiken voor bijvoorbeeld ophoging van terreinen of wegenaanleg.

De totale bouw van boortunnel met toeritten bedraagt ruim 5 jaar. De bouw is begonnen in het najaar 2000 en duurde tot medio 2006. In de laatste fase werd de tunnel afgebouwd, dat wil zeggen: spoorconstructie, bovenleiding en beveiliging aanbrengen. Die werkzaamheden gebeurden grotendeels ondergronds en geven relatief weinig hinder. Daarnaast is het maaiveld heringericht, dat wil zeggen zo veel mogelijk teruggebracht in de oude staat.

• Lengte boortunnel: 7160 meter; inclusief de toeritten 8670 meter. 
• Lengte toerit bij Leiderdorp: 713 meter; 
• Lengte toerit bij Hazerswoude: 768 meter;
• Diameter boorschild: 14,87 meter. 
• Diepteligging tunnel: ongeveer 30 meter onder NAP.
• Betonnen scheidingswand: 10 meter hoog en 0,45 meter dik.